La clasificación de las lenguas indígenas habladas en mexico tiende a agrupar variantes de la misma familia, aun si estas llegan a ser ininteligibles entre sí (por ejemplo, el gobierno reconoce al nahuatl como una sola lengua, aun si las variaciones dialectales que hablan los nahuas de la Sierra de puebla, y los nahuas de morelos son significativas). Por ello, algunos lingüistas tienden a elevar esta cifra a más de 100, clasificando a estas variantes como lenguas separadas.

La población hablante de lenguas indígenas en México no es conocida con precisión. El censo del INEGI señala que se trata de alrededor de seis millones de personas, pero el dato corresponde sólo a los mayores de cinco años. La población étnica indígena fue calculada por la CDI en 12,7 millones de personas en 1995, lo que equivalía al 13,1% de la población nacional en ese año (1995). A su vez, la CDI sostenía que en 1995, los hablantes de lenguas indígenas en el país sumaban alrededor de siete millones. La mayor parte de esa población se concentra en la región centro y sur del país.